Para detectarlo:

    find . -type f -print0 | xargs -0r awk '/^\xEF\xBB\xBF/ {print FILENAME}{nextfile}'
    
    
    
Para eliminarlo (USAR CON CUIDADO):

    find . -type f -exec sed 's/^\xEF\xBB\xBF//' -i.bak {} \; -exec rm {}.bak \;