Para detectarlo:

  find . -type f -print0 | xargs -0r awk '/^\xEF\xBB\xBF/ {print FILENAME}{nextfile}'
  
  
  

Para eliminarlo (USAR CON CUIDADO):

  find . -type f -exec sed 's/^\xEF\xBB\xBF//' -i.bak {} \; -exec rm {}.bak \;